Introducción al análisis de datos biológicos con R

Clase 0

Eliana Florencia Burgos

16-ago

20-ago

27-ago

3-sep

10-sep

17-sep

24-sep

 

 

 

 

 

 

 

Inicio del curso

Primer encuentro

sincrónico

Segundo

encuentro sincrónico

Tercer encuentro

sincrónico

Cuarto encuentro

sincrónico

Quinto encuentro

sincrónico

Sexto encuentro sincrónico y cierre del curso Entrega y presentaciones de actividad final

Clase 0

Clase 1

Clase 2

Clase 3

Clase 4

Clase 5

Clase 6

Sin definir

¿Qué necesitamos para este curso?

Para instalar el R vamos a entrar en el siguiente link: https://cran.r-project.org/ Elegiremos la opción que corresponda en función del sistema operativo que utilicemos en nuestra computadora

Para instalar el R-Studio vamos a entrar en el siguiente link: https://www.rstudio.com/

Para instalar el R-Studio vamos a entrar en el siguiente link: https://www.rstudio.com/

Para instalar el R-Studio vamos a entrar en el siguiente link: https://www.rstudio.com/

Para instalar el R-Studio vamos a entrar en el siguiente link: https://www.rstudio.com/

Bibliografía de referencia

Aragón TJ. (2017) Population Health Data Science with R: Transforming data into actionable knowledge.

Atlan (2019) Introduction to GIS: Manipulating and Mapping Geospatial Data in R.

Brunsdon C, Comber L. (2019) An Introduction to Spatial Analysis and Mapping. Sage.

Chang W. (2013) R Graphics Cookbook: Practical Recipes for Visualizing Data. O’Reilly Media.

DiMaggio C. (2014) Spatial Epidemiology Notes: Applications and Vignettes in R. Columbia University, NY

Engel CA. (2019) Using Spatial Data with R.

Gillespie C, Lovelace R. (2021) Efficient R Programming: A pratical guide to smarter programming. O’Reilly Media.

Grolemund G. (2014) Hands-On Programming with R. O’Reilly Media.

Healy K. (2018) Data visualization: A practical introduction. Princeton University Press.

Hijmans, R. 2019. Spatial Data Analysis and Modeling with R.

Holmes S, Huber W. (2018) Modern Statistics for Modern Biology. Cambridge.

Irizarry RA. (2021) Introducción a la ciencia de datos: Análisis de datos y algoritmos de predicción con R. CRC Press.

Irizarry RA, Love MI. (2015) Data analysis for the life sciences. Leanpub.

Lovelace R, Nowosad J, Muenchow J. (2021) Geocomputation with R. CRC Press.

Peng RD. (2016a) Exploratory Data Analysis with R. Leanpub.

Peng RD. (2016b) Report Writing for Data Science in R. Leanpub.

Venables WN, Smith DM. (2021) An introduction to R. R Core Team.

Xie Y, Allaire JJ, Grolemund G. (2021) R Markdown: The Definitive Guide. CRC Press.

Wickham H. (2016) ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis (Use R). Spring.

Wickham H, Grolemund G. (2014) R for Data Science: Import, Tidy, Transform, Visualize, and Model Data. O’Reilly Media.

Wilke CO. (2019) Fundamentals of Data Visualization.O’Reilly Media.

Wright C, Ellis SE, Hicks SC, Peng RD. (2021) Tidyverse Skills for Data Science in R. Johns Hopkins University

Programación

¿Qué es y para qué sirve?

Programación: ¿Qué es y para qué sirve?

Las computadoras están constituidas por un lenguaje binario (0,1)

Las diferentes combinaciones de 0 y 1 indican determinadas funciones o acciones

Con los lenguajes de programación podemos indicarle al sistema que realice ciertas acciones de una forma más amigable

Podemos:

-Modelar el problema.

-Comprenderlo y aproximarnos a su resolución.

-Verificar nuestro resultado.

-Crear y modificar

Lenguajes de programación

-Permite escribir una serie de instrucciones en forma de algoritmos

-Modificar/controlar el comportamiento lógico de un sistema informático

-Obtener diversas clases de datos o ejecutar determinadas tareas.

Existen diferentes lenguajes de programación y su elección y uso depende de diferentes factores

Sintaxis particular y específica

Paradigmas: manera o estilo de programación de software

Paradigmas en la programación

Programación imperativo

-paradigma más antiguo

-secuencia claramente definida de instrucciones para un ordenador

-integran estructuras de control como bucles o estructuras anidadas en el código

Programación orientada a objetos

-separar los diferentes componentes de un programa

-construye modelos de objetos que representan elementos del problema a resolver, que tienen características y funciones

-disminuye los errores y promociona la reutilización del código

Programación funcional

-centrada en las funciones

-las funciones pueden adoptar diferentes “formas”: estas pueden enlazarse entre sí como los datos y utilizarse como parámetro y como resultado de la función

-transformaciones, síntesis, etc

-combinable con la programación imperativa y orientada a objetos

Ry R-Studio

Originado en base al lenguaje S de programación.

El lenguaje S es propiedad de los Laboratorios Bell, por lo cual su uso no es libre y gratuito.

Con los lenguajes de programación podemos indicarle al sistema que realice ciertas acciones de una forma más amigable

R existe más de una manera de realizar tareas comunes, una compatible con S y otra diseñada específicamente para R.

Ry R-Studio

Originado en base al lenguaje S de programación.

El lenguaje S es propiedad de los Laboratorios Bell, por lo cual su uso no es libre y gratuito.

Con los lenguajes de programación podemos indicarle al sistema que realice ciertas acciones de una forma más amigable

R existe más de una manera de realizar tareas comunes, una compatible con S y otra diseñada específicamente para R.

Ry R-Studio

Originado en base al lenguaje S de programación.

El lenguaje S es propiedad de los Laboratorios Bell, por lo cual su uso no es libre y gratuito.

Con los lenguajes de programación podemos indicarle al sistema que realice ciertas acciones de una forma más amigable

R existe más de una manera de realizar tareas comunes, una compatible con S y otra diseñada específicamente para R.

Ry R-Studio

Originado en base al lenguaje S de programación.

El lenguaje S es propiedad de los Laboratorios Bell, por lo cual su uso no es libre y gratuito.

Con los lenguajes de programación podemos indicarle al sistema que realice ciertas acciones de una forma más amigable

R existe más de una manera de realizar tareas comunes, una compatible con S y otra diseñada específicamente para R.

Ry R-Studio

Originado en base al lenguaje S de programación.

El lenguaje S es propiedad de los Laboratorios Bell, por lo cual su uso no es libre y gratuito.

Con los lenguajes de programación podemos indicarle al sistema que realice ciertas acciones de una forma más amigable

R existe más de una manera de realizar tareas comunes, una compatible con S y otra diseñada específicamente para R.

Ry R-Studio

Originado en base al lenguaje S de programación.

El lenguaje S es propiedad de los Laboratorios Bell, por lo cual su uso no es libre y gratuito.

Con los lenguajes de programación podemos indicarle al sistema que realice ciertas acciones de una forma más amigable

R existe más de una manera de realizar tareas comunes, una compatible con S y otra diseñada específicamente para R.

R y R-Studio

En el presente, el mantenimiento y desarrollo de R es realizado por el R Development Core Team

La versión de R es conocida como “base”

Software libre de código gratuito

Se puede examinar y estudiar el código

Se pueden crear versiones propias de R que se ajusten a tus necesidades particulares.

Usarlo para diferentes fines

Ry R-Studio

Fue creado para análisis estadísticos

Su desarrollo lleva aproximadamente 10 años

Actualmente se usa en diferentes ámbitos: ecología, épidemiología, taxonomía, ciencia de datos, visualización de datos, mapeo y mercado.

El desarrollo de paquetes que amplian su funcionalidad

Ry R-Studio

Fue creado para análisis estadísticos

Su desarrollo lleva aproximadamente 10 años

Actualmente se usa en diferentes ámbitos: ecología, épidemiología, taxonomía, ciencia de datos, visualización de datos, mapeo y mercado.

El desarrollo de paquetes que amplian su funcionalidad

Analiza la manera en que sus usuarios interactúan con sus muros de publicaciones para así determinar qué contenido mostrarles.

Ry R-Studio

Fue creado para análisis estadísticos

Su desarrollo lleva aproximadamente 10 años

Actualmente se usa en diferentes ámbitos: ecología, épidemiología, taxonomía, ciencia de datos, visualización de datos, mapeo y mercado.

El desarrollo de paquetes que amplian su funcionalidad

Google usa R para analizar la efectividad las campañas de publicidad implementadas en sus servicios

IDE

Entornos integrado de desarrollo (Integrated development environment) -Proporciona herramientas para escribir y revisar un código -Permite administrar los archivos que estamos usando -Gestionar el entorno de trabajo

-Entre otros

R-Studio es un IDE que permite que el lenguaje de programación sea mas accesible

Enfatiza la colaboración a nivel global en la mejora y desarrollo de los códigos

Conozcamos el entorno de R-Studio

Barra de herramientas

Ambiente de trabajo

Consola

Editor de sintaxis

Salidas, plot, paquetes

Atajos útiles

Atajos de navegación

Ctrl

 

 

 

 

 

 

1

Source

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Ctrl

 

 

 

 

2

Console

 

 

 

 

 

 

Help

Ctrl

 

 

 

 

3

 

 

 

 

Ctrl

 

 

History

 

 

 

 

 

4

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Ctrl

 

 

 

5

Files

 

 

 

 

 

 

Ctrl

 

 

 

 

6

Plots

 

 

 

 

 

 

 

Ctrl

 

 

 

 

7

Packages

 

 

 

 

 

 

 

Ctrl

 

 

 

 

8

Environment

 

 

 

 

 

 

 

Ctrl

 

 

 

 

9

Viewer

 

 

 

 

Ctrl

Ctrl

Tab Siguiente script

Shift Tab Script anterior

Atajos de la sesión

Ctrl

Ctrl

Ctrl

Esc

Shift

 

 

 

 

 

 

F10 reinicia la sesión

 

 

 

 

 

Q cierra la sesión de R-Studio

Shift

 

 

 

 

 

H cambia el directorio de trabajo.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Interrumpe a R si está en medio de la ejecución de algún comando/script.

Atajos para funciones

F1 Abre el Help de la función

F2 Muestra el código de la función

Atajos para la gestión de archivos

Ctrl

Ctrl

Ctrl

Ctrl

Ctrl

Ctrl

Shift

 

 

 

 

 

N

crea un nuevo script

 

 

 

 

 

Oabre un archivo/script desde el explorador

Sguarda el archivo/script en el que nos encontremos.

Wcierra el archivo/script en el que nos encontremos.

Shift

 

 

 

 

 

W Cierra todos los archivos/scripts que tengamos abiertos.

 

 

 

 

 

Alt

 

 

 

 

 

Shift

 

 

 

 

 

W

Cierra todos los archivos/scripts que tengamos abiertos, excepto

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

el que estemos visualizando

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Atajos dentro de la consola

Arriba

Ctrl

Ctrl

Abajo navegar entre el historial de comandos que has ejecutado.

Arriba Mostrar el historial completo de comandos que has ejecutado.

LLimpiar la consola

Atajos dentro de autocompletado

Tab Ver y seleccionar las sugerencias del autocompletado

Arriba

Ctrl

Abajo

moverte entre las sugerencias del autocompletado.

Espacio

para ver y esconder las sugerencias del autocompletado

Enter seleccionar la opción que quieres de las sugerencias del autocompletado.

Esc esconder las sugerencias del autocompletado

Atajos de selección

Shift

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Izquierda

Derecha

seleccionar texto, letra por letra (carácter por carácter)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Ctrl

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Shift

 

 

 

 

 

 

Izquierda

Derecha

seleccionar texto, palabra por palabra

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Alt

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Izquierda

Derecha

seleccionar toda la línea en donde se encuentra el cursor

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Shift

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Izquierda

Derecha

seleccionar texto, línea por línea

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Ctrl

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

A seleccionar todo

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Atajos de ejecución de líneas

Ctrl

Ctrl

Ctrl

Ctrl

Enter

Alt

Alt

Alt

ejecuta la línea sobre la que esté el cursor

Rejecuta todo el script

Bejecuta el script desde el principio y hasta la línea sobre la que esté el cursor

Eejecuta el script desde la línea sobre la que está el cursor hasta el final

Atajos de líneas de código

Ctrl

Ctrl

Shift

Shift

Ctrl

Shift

 

 

 

 

 

C para comentar (#) o quitar comentario de una línea de código.

 

 

 

 

 

Dborra una línea de código

Alt

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Izquierda

Derecha para mover hacia arriba o hacia abajo una línea de código

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Alt

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Arriba

Abajo

para duplicar una línea de código, ya sea arriba o abajo de la original

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Shift

 

 

 

 

 

 

 

 

a para arreglar espacios o falta de espacios entre caracteres dentro de una línea

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Atajos de líneas de código

Ctrl

Ctrl

Shift

Shift

Ctrl

Shift

 

 

 

 

 

C para comentar (#) o quitar comentario de una línea de código.

 

 

 

 

 

Dborra una línea de código

Alt

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Izquierda

Derecha para mover hacia arriba o hacia abajo una línea de código

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Alt

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Arriba

Abajo

para duplicar una línea de código, ya sea arriba o abajo de la original

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Shift

 

 

 

 

 

 

 

 

a para arreglar espacios o falta de espacios entre caracteres dentro de una línea

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Atajos de edición clásicos

Ctrl

Ctrl

Ctrl

Ctrl

Ctrl

Ccopiar el texto que se tenga seleccionado

Xcortar el texto que se tenga seleccionado

Vpegar el texto, que se haya copiado/cortado, en donde se encuentre el cursor

Zdeshacer el último movimiento que se hizo

Fbuscar texto dentro de un script

Ctrl Shift

Alt Izquierda

Zrehacer el movimiento que se deshizo

Derecha mover el cursor a la izquierda/derecha de palabra en palabra

Atajos de edición clásicos

Ctrl

Ctrl

Ctrl

Ctrl

Ctrl

Ccopiar el texto que se tenga seleccionado

Xcortar el texto que se tenga seleccionado

Vpegar el texto, que se haya copiado/cortado, en donde se encuentre el cursor

Zdeshacer el último movimiento que se hizo

Fbuscar texto dentro de un script

Ctrl Shift

Alt Izquierda

Zrehacer el movimiento que se deshizo

Derecha mover el cursor a la izquierda/derecha de palabra en palabra

Atajos de edición clásicos

Ctrl

Ctrl

Ctrl

Ctrl

Ctrl

Ccopiar el texto que se tenga seleccionado

Xcortar el texto que se tenga seleccionado

Vpegar el texto, que se haya copiado/cortado, en donde se encuentre el cursor

Zdeshacer el último movimiento que se hizo

Fbuscar texto dentro de un script

Ctrl Shift

Alt Izquierda

Zrehacer el movimiento que se deshizo

Derecha mover el cursor a la izquierda/derecha de palabra en palabra

El mejor atajo de todos

Alt

-

El mejor atajo de todos

Alt

- <-

El mejor atajo de todos

Alt

126 ~

Blogs y ayudas en Google

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Blogs y ayudas en Google

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Blogs y ayudas en Google

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Programación con R

Ejercicios

Eliana Florencia Burgos

Tipos de operaciones

OPERACIÓN

SINTAXIS

 

 

Adición

+

Sustracción

-

Multiplicación

*

División

/

Divisíon para calcular el cociente

%/%

División para calcular el residuo

%%

Potencia

^ **

Raíz cuadrada

sqrt ()

Raíz

^(1/3); ^(1/4); ^(1/5)

Exponencial

exp()

Logaritmo neperiano

log()

Logaritmo base 10

log10()

Logaritmo base a

log(x,a)

Valor absoluto

abs()

 

 

https://github.com/somaquadrados/introduccionalR

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Formulario.Clase_0