Introducción al análisis de datos biológicos con R
Clase 0
Eliana Florencia Burgos
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Inicio del curso
Primer encuentro
sincrónico
Segundo
encuentro sincrónico
Tercer encuentro
sincrónico
Cuarto encuentro
sincrónico
Quinto encuentro
sincrónico
Sexto encuentro sincrónico y cierre del curso Entrega y presentaciones de actividad final
Clase 0
Clase 1
Clase 2
Clase 3
Clase 4
Clase 5
Clase 6
Sin definir
¿Qué necesitamos para este curso?
Para instalar el R vamos a entrar en el siguiente link:
Para instalar el
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Bibliografía de referencia
•Aragón TJ. (2017) Population Health Data Science with R: Transforming data into actionable knowledge.
•Atlan (2019) Introduction to GIS: Manipulating and Mapping Geospatial Data in R.
•Brunsdon C, Comber L. (2019) An Introduction to Spatial Analysis and Mapping. Sage.
•Chang W. (2013) R Graphics Cookbook: Practical Recipes for Visualizing Data. O’Reilly Media.
•DiMaggio C. (2014) Spatial Epidemiology Notes: Applications and Vignettes in R. Columbia University, NY
•Engel CA. (2019) Using Spatial Data with R.
•Gillespie C, Lovelace R. (2021) Efficient R Programming: A pratical guide to smarter programming. O’Reilly Media.
•Grolemund G. (2014)
•Healy K. (2018) Data visualization: A practical introduction. Princeton University Press.
•Hijmans, R. 2019. Spatial Data Analysis and Modeling with R.
•Holmes S, Huber W. (2018) Modern Statistics for Modern Biology. Cambridge.
•Irizarry RA. (2021) Introducción a la ciencia de datos: Análisis de datos y algoritmos de predicción con R. CRC Press.
•Irizarry RA, Love MI. (2015) Data analysis for the life sciences. Leanpub.
•Lovelace R, Nowosad J, Muenchow J. (2021) Geocomputation with R. CRC Press.
•Peng RD. (2016a) Exploratory Data Analysis with R. Leanpub.
•Peng RD. (2016b) Report Writing for Data Science in R. Leanpub.
•Venables WN, Smith DM. (2021) An introduction to R. R Core Team.
•Xie Y, Allaire JJ, Grolemund G. (2021) R Markdown: The Definitive Guide. CRC Press.
•Wickham H. (2016) ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis (Use R). Spring.
•Wickham H, Grolemund G. (2014) R for Data Science: Import, Tidy, Transform, Visualize, and Model Data. O’Reilly Media.
•Wilke CO. (2019) Fundamentals of Data Visualization.O’Reilly Media.
•Wright C, Ellis SE, Hicks SC, Peng RD. (2021) Tidyverse Skills for Data Science in R. Johns Hopkins University
Programación
¿Qué es y para qué sirve?
Programación: ¿Qué es y para qué sirve?
Las computadoras están constituidas por un lenguaje binario (0,1)
Las diferentes combinaciones de 0 y 1 indican determinadas funciones o acciones
Con los lenguajes de programación podemos indicarle al sistema que realice ciertas acciones de una forma más amigable
Podemos:
-Comprenderlo y aproximarnos a su resolución.
Lenguajes de programación
-Permite escribir una serie de instrucciones en forma de algoritmos
-Modificar/controlar el comportamiento lógico de un sistema informático
-Obtener diversas clases de datos o ejecutar determinadas tareas.
Existen diferentes lenguajes de programación y su elección y uso depende de diferentes factores
Sintaxis particular y específica
Paradigmas: manera o estilo de programación de software
Paradigmas en la programación
Programación imperativo
-paradigma más antiguo
-secuencia claramente definida de instrucciones para un ordenador
-integran estructuras de control como bucles o estructuras anidadas en el código
Programación orientada a objetos
Programación funcional
-centrada en las funciones
-las funciones pueden adoptar diferentes “formas”: estas pueden enlazarse entre sí como los datos y utilizarse como parámetro y como resultado de la función
-transformaciones, síntesis, etc
-combinable con la programación imperativa y orientada a objetos
Ry
•Originado en base al lenguaje S de programación.
•El lenguaje S es propiedad de los Laboratorios Bell, por lo cual su uso no es libre y gratuito.
•Con los lenguajes de programación podemos indicarle al sistema que realice ciertas acciones de una forma más amigable
•R existe más de una manera de realizar tareas comunes, una compatible con S y otra diseñada específicamente para R.
Ry
•Originado en base al lenguaje S de programación.
•El lenguaje S es propiedad de los Laboratorios Bell, por lo cual su uso no es libre y gratuito.
•Con los lenguajes de programación podemos indicarle al sistema que realice ciertas acciones de una forma más amigable
•R existe más de una manera de realizar tareas comunes, una compatible con S y otra diseñada específicamente para R.
Ry
•Originado en base al lenguaje S de programación.
•El lenguaje S es propiedad de los Laboratorios Bell, por lo cual su uso no es libre y gratuito.
•Con los lenguajes de programación podemos indicarle al sistema que realice ciertas acciones de una forma más amigable
•R existe más de una manera de realizar tareas comunes, una compatible con S y otra diseñada específicamente para R.
Ry
•Originado en base al lenguaje S de programación.
•El lenguaje S es propiedad de los Laboratorios Bell, por lo cual su uso no es libre y gratuito.
•Con los lenguajes de programación podemos indicarle al sistema que realice ciertas acciones de una forma más amigable
•R existe más de una manera de realizar tareas comunes, una compatible con S y otra diseñada específicamente para R.
Ry
•Originado en base al lenguaje S de programación.
•El lenguaje S es propiedad de los Laboratorios Bell, por lo cual su uso no es libre y gratuito.
•Con los lenguajes de programación podemos indicarle al sistema que realice ciertas acciones de una forma más amigable
•R existe más de una manera de realizar tareas comunes, una compatible con S y otra diseñada específicamente para R.
Ry
•Originado en base al lenguaje S de programación.
•El lenguaje S es propiedad de los Laboratorios Bell, por lo cual su uso no es libre y gratuito.
•Con los lenguajes de programación podemos indicarle al sistema que realice ciertas acciones de una forma más amigable
•R existe más de una manera de realizar tareas comunes, una compatible con S y otra diseñada específicamente para R.
R y
•En el presente, el mantenimiento y desarrollo de R es realizado por el R Development Core Team
•La versión de R es conocida como “base”
•Software libre de código gratuito
•Se puede examinar y estudiar el código
•Se pueden crear versiones propias de R que se ajusten a tus necesidades particulares.
•Usarlo para diferentes fines
Ry
•Fue creado para análisis estadísticos
•Su desarrollo lleva aproximadamente 10 años
•Actualmente se usa en diferentes ámbitos: ecología, épidemiología, taxonomía, ciencia de datos, visualización de datos, mapeo y mercado.
•El desarrollo de paquetes que amplian su funcionalidad
Ry
•Fue creado para análisis estadísticos
•Su desarrollo lleva aproximadamente 10 años
•Actualmente se usa en diferentes ámbitos: ecología, épidemiología, taxonomía, ciencia de datos, visualización de datos, mapeo y mercado.
•El desarrollo de paquetes que amplian su funcionalidad
Analiza la manera en que sus usuarios interactúan con sus muros de publicaciones para así determinar qué contenido mostrarles.
Ry
•Fue creado para análisis estadísticos
•Su desarrollo lleva aproximadamente 10 años
•Actualmente se usa en diferentes ámbitos: ecología, épidemiología, taxonomía, ciencia de datos, visualización de datos, mapeo y mercado.
•El desarrollo de paquetes que amplian su funcionalidad
Google usa R para analizar la efectividad las campañas de publicidad implementadas en sus servicios
IDE
•Entornos integrado de desarrollo (Integrated development environment)
•
•Enfatiza la colaboración a nivel global en la mejora y desarrollo de los códigos
Conozcamos el entorno de
Barra de herramientas
Ambiente de trabajo
Consola
Editor de sintaxis
Salidas, plot, paquetes
Atajos útiles
Atajos de navegación
Ctrl |
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1 |
Source |
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2 |
Console |
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Help |
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Ctrl |
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Ctrl |
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History |
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Files |
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Ctrl |
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Plots |
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Ctrl |
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Packages |
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Environment |
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Ctrl |
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Viewer |
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Ctrl
Ctrl
Tab Siguiente script
Shift Tab Script anterior
Atajos de la sesión
Ctrl
Ctrl
Ctrl
Esc
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F10 reinicia la sesión |
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Q cierra la sesión de |
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Shift |
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H cambia el directorio de trabajo. |
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Interrumpe a R si está en medio de la ejecución de algún comando/script.
Atajos para funciones
F1 Abre el Help de la función
F2 Muestra el código de la función
Atajos para la gestión de archivos
Ctrl
Ctrl
Ctrl
Ctrl
Ctrl
Ctrl
Shift |
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N |
crea un nuevo script |
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Oabre un archivo/script desde el explorador
Sguarda el archivo/script en el que nos encontremos.
Wcierra el archivo/script en el que nos encontremos.
Shift |
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W Cierra todos los archivos/scripts que tengamos abiertos. |
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Alt |
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W |
Cierra todos los archivos/scripts que tengamos abiertos, excepto |
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el que estemos visualizando |
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Atajos dentro de la consola
Arriba
Ctrl
Ctrl
Abajo navegar entre el historial de comandos que has ejecutado.
Arriba Mostrar el historial completo de comandos que has ejecutado.
LLimpiar la consola
Atajos dentro de autocompletado
Tab Ver y seleccionar las sugerencias del autocompletado
Arriba
Ctrl
Abajo |
moverte entre las sugerencias del autocompletado. |
Espacio |
para ver y esconder las sugerencias del autocompletado |
Enter seleccionar la opción que quieres de las sugerencias del autocompletado.
Esc esconder las sugerencias del autocompletado
Atajos de selección
Shift |
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Izquierda |
Derecha |
seleccionar texto, letra por letra (carácter por carácter) |
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Ctrl |
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Shift |
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Izquierda |
Derecha |
seleccionar texto, palabra por palabra |
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Alt |
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Izquierda |
Derecha |
seleccionar toda la línea en donde se encuentra el cursor |
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Shift |
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Izquierda |
Derecha |
seleccionar texto, línea por línea |
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Ctrl |
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A seleccionar todo |
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Atajos de ejecución de líneas
Ctrl
Ctrl
Ctrl
Ctrl
Enter
Alt
Alt
Alt
ejecuta la línea sobre la que esté el cursor
Rejecuta todo el script
Bejecuta el script desde el principio y hasta la línea sobre la que esté el cursor
Eejecuta el script desde la línea sobre la que está el cursor hasta el final
Atajos de líneas de código
Ctrl
Ctrl
Shift
Shift
Ctrl
Shift |
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C para comentar (#) o quitar comentario de una línea de código. |
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Dborra una línea de código
Alt |
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Izquierda |
Derecha para mover hacia arriba o hacia abajo una línea de código |
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Alt |
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Arriba |
Abajo |
para duplicar una línea de código, ya sea arriba o abajo de la original |
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Shift |
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a para arreglar espacios o falta de espacios entre caracteres dentro de una línea |
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Atajos de líneas de código
Ctrl
Ctrl
Shift
Shift
Ctrl
Shift |
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C para comentar (#) o quitar comentario de una línea de código. |
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Dborra una línea de código
Alt |
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Izquierda |
Derecha para mover hacia arriba o hacia abajo una línea de código |
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Alt |
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Arriba |
Abajo |
para duplicar una línea de código, ya sea arriba o abajo de la original |
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Shift |
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a para arreglar espacios o falta de espacios entre caracteres dentro de una línea |
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Atajos de edición clásicos
Ctrl
Ctrl
Ctrl
Ctrl
Ctrl
Ccopiar el texto que se tenga seleccionado
Xcortar el texto que se tenga seleccionado
Vpegar el texto, que se haya copiado/cortado, en donde se encuentre el cursor
Zdeshacer el último movimiento que se hizo
Fbuscar texto dentro de un script
Ctrl Shift
Alt Izquierda
Zrehacer el movimiento que se deshizo
Derecha mover el cursor a la izquierda/derecha de palabra en palabra
Atajos de edición clásicos
Ctrl
Ctrl
Ctrl
Ctrl
Ctrl
Ccopiar el texto que se tenga seleccionado
Xcortar el texto que se tenga seleccionado
Vpegar el texto, que se haya copiado/cortado, en donde se encuentre el cursor
Zdeshacer el último movimiento que se hizo
Fbuscar texto dentro de un script
Ctrl Shift
Alt Izquierda
Zrehacer el movimiento que se deshizo
Derecha mover el cursor a la izquierda/derecha de palabra en palabra
Atajos de edición clásicos
Ctrl
Ctrl
Ctrl
Ctrl
Ctrl
Ccopiar el texto que se tenga seleccionado
Xcortar el texto que se tenga seleccionado
Vpegar el texto, que se haya copiado/cortado, en donde se encuentre el cursor
Zdeshacer el último movimiento que se hizo
Fbuscar texto dentro de un script
Ctrl Shift
Alt Izquierda
Zrehacer el movimiento que se deshizo
Derecha mover el cursor a la izquierda/derecha de palabra en palabra
El mejor atajo de todos
Alt
-
El mejor atajo de todos
Alt
- <-
El mejor atajo de todos
Alt
126 ~
Blogs y ayudas en Google
Blogs y ayudas en Google
Blogs y ayudas en Google
Blogs y ayudas en Google
Blogs y ayudas en Google
Blogs y ayudas en Google
Blogs y ayudas en Google
Blogs y ayudas en Google
Blogs y ayudas en Google
Programación con R
Ejercicios
Eliana Florencia Burgos
Tipos de operaciones
OPERACIÓN |
SINTAXIS |
|
|
Adición |
+ |
Sustracción |
- |
Multiplicación |
* |
División |
/ |
Divisíon para calcular el cociente |
%/% |
División para calcular el residuo |
%% |
Potencia |
^ ** |
Raíz cuadrada |
sqrt () |
Raíz |
^(1/3); ^(1/4); ^(1/5) |
Exponencial |
exp() |
Logaritmo neperiano |
log() |
Logaritmo base 10 |
log10() |
Logaritmo base a |
log(x,a) |
Valor absoluto |
abs() |
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